El trabajo de la APE se organiza en comisiones, cada una liderada por vocales de la Junta Directiva. Algunas responden directamente a los Estatutos de la asociación; otras (marcadas con *) son comisiones especiales, creadas según las necesidades del momento. Todas comparten un mismo propósito: canalizar el esfuerzo voluntario de las familias hacia proyectos concretos.